Te das cuenta de ataque cuando tu pagina es redireccionada a otra pagina distinta, como Google, u otra pagina similar (Alguna con algún virus).
Para protegerte de este tipo de ataque debes de tener configurado los atributos del archivo .htaccess a 444 en lugar de 644, para que no se pueda modificar. Ademas se debe de tener siempre la ultima versión de tus programas favoritos (Joomla y Wordpress).
En el caso de que tu web ya este infectado, se tiene que revisar todas las carpetas en busca de .htaccess modificados y eliminarlos o cambiarlos por las versiones originales, ademas de cambiar tus contraseñas y actualizar tus programas.
